データセット ID
JGAD000428
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
NGS（Exome）
メチル化アレイ - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 29.3 GB
- ファイル形式
- BAM
- BPM
- 研究
- hum0289
- 公開日
- 2021-07-31
- 更新日
- 2021-07-31
- DDBJ Search
- JGAD000428 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000317 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 慢性骨髄単球性白血病（CMML）（ICD10：C93.1）：1症例
同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血：各1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 慢性骨髄単球性白血病（CMML） (C931)
- 試料説明
- 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SMART-Seq Stranded Kit
- 断片化
- SMART-seq Stranded kit
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- Genedata Profiler Genome 13.0.11
STAR 2.6.0c - QC・フィルタリング
- NovaSeq Control Software v1.6.0
Real Time Analysis (RTA) v3.4.4
bcl2fastq2 v2.20 - カバレッジ (割合)
- 76.3–84.1%
WES
- 材料と対象者
- 慢性骨髄単球性白血病（CMML）（ICD10：C93.1）：1症例
同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血：各1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 慢性骨髄単球性白血病（CMML） (C931)
- 試料説明
- 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
SureSelect XT Reagent Kit - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- DRAGEN Bio-IT Platform 3.5.7
SnpEff v4.2
VCFtools 0.1.9 - QC・フィルタリング
- NovaSeq Control Software v1.6.0
Real Time Analysis (RTA) v3.4.4
bcl2fastq2 v2.20 - カバレッジ (割合)
- 99% (超)
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- 慢性骨髄単球性白血病（CMML）（ICD10：C93.1）：1症例
同種造血幹細胞移植前と移植後再発時の末梢血：各1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 慢性骨髄単球性白血病（CMML） (C931)
- 試料説明
- 末梢血より単離したCD14+/CD16-単球から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit
- プラットフォーム
- Illumina Infinium MethylationEPIC
- QC・フィルタリング
- GenomeStudio Software V2011.1
Methylation Module 1.9.0 - 正規化
- GenomeStudio Software V2011.1
Methylation Module 1.9.0 - 解析方法
- iScan システム 309171 Rev B
iScan Control Software 3.4.8 - プローブ数
- 850,000 プローブ (Infinium MethylationEPIC BeadChip)