データセット ID
JGAD000422
- データの種類
- NGS(Visium Spatial Gene Expression)、病理画像
- アクセス制限
- 制限公開(Type I)
- 総データ量
- 132 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- TIFF
- 研究
- hum0286
- 公開日
- 2022-09-13
- 更新日
- 2022-09-13
- DDBJ Search
- JGAD000422 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000311 (新しいタブで開きます)
解析手法
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- 肝細胞がん(ICD10:C220):3症例
脂肪を含むHCC:2検体
脂肪を含むHCCの非腫瘍組織:1検体
脂肪を含まないHCC:1検体 - 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- 肝細胞がん (C220)
- 試料説明
- HCCおよび非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織肝臓
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 118 bp