データセット ID
JGAD000391
- データの種類
- NGS（Exome）
NGS（RNA-seq） - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 728 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0272
- 公開日
- 2021-11-26
- 更新日
- 2022-02-07
- DDBJ Search
- JGAD000391 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000285 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- メラノーマ（ICD10：C439）：4症例
腫瘍組織から樹立した培養細胞：4症例 4＋1検体
リンパ節：1症例 2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数4 (人数)
- 疾患
- メラノーマ (C439)
- 試料説明
- 腫瘍組織から樹立した培養細胞および患者リンパ節から抽出したDNA
- 組織Cultured cell、リンパ節
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Hybrid Selection
- 断片化
- Captured / Adaptor ligation
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 92 bp (平均)
- 参照ゲノム
- GRCh38
RNA-seq
- 材料と対象者
- メラノーマ（ICD10：C439）：4症例
腫瘍組織から樹立した培養細胞：4症例 4検体 - 健康状態罹患
- 対象者数4 (人数)
- 疾患
- メラノーマ (C439)
- 試料説明
- 腫瘍組織から樹立した培養細胞から抽出したRNA
- 組織Cultured cell
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Hybrid Selection
- 断片化
- Captured / Adaptor ligation
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp (平均)
scRNA-seq + scTCR-seq
- 材料と対象者
- メラノーマ（ICD10：C439）：3症例
腫瘍浸潤リンパ球（TIL）：2症例 3検体
末梢血リンパ球（PBL）：2症例 2検体
リンパ節の腫瘍浸潤リンパ球（LN-TIL）：1症例 2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数3 (人数)
- 疾患
- メラノーマ (C439)
- 試料説明
- 腫瘍浸潤リンパ球、末梢血リンパ球およびリンパ節の腫瘍浸潤リンパ球から抽出したRNA
- 組織リンパ球、末梢血、TIL
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
TCR-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Single Cell Immune Profiling Solution Kit
- 断片化
- Hybrid Selection
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp (平均)