2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2020-11-24
- 更新日
- 2025-12-04
- 研究
- hum0116
- データの種類
- NGS(Target Capture): AML Cancer Panel NGS(Target Capture): 41遺伝子
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000122
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
AML(ICD10: C920): 106症例 ①AML患者の末梢血(白血病細胞)45検体 ②AML患者の骨髄液(白血病細胞)19検体 ③AML患者の検体(末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞)もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体(脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞)を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓(ヒト白血病細胞)6検体 ④AML患者の検体(末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞)もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体(脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞)を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの骨髄液(ヒト白血病細胞)36検体
- 実験方法
Target Capture
- ターゲット
41遺伝子(NRAS, KRAS, FLT3, TP53, NPM1, KIT, IDH1, IDH2, SF3B1, U2AF1, TET2, DNMT3A, ASXL1, ASXL2, BCOR, RUNX1, KMT2A(MLL), WT1(WT-1), GATA2, STAG2, RAD21, SMC1A, SMC3, MPL, NF1, PTPN11, CSF3R, CBL, CEBPA, SRSF2, DHX15, ZRSR2, EZH2, SETBP1, KDM6A, ETV6, CUX1, PHF6, MGA, ZBTB7A, PPM1D)の翻訳領域
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
AML患者の末梢血または骨髄液(白血病細胞)から抽出したDNA AML患者の検体(末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞)もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体(脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞)を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓または骨髄液(ヒト白血病細胞)から抽出したDNA
- ライブラリ構築
multiplex PCR + 2nd PCR
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
151 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
23 GB(fastq)
- 利用ポリシー