データセット ID
JGAD000355
- データの種類
- NGS（Target Capture）：AML Cancer Panel
NGS（Target Capture）：41遺伝子 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 25.3 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0116
- 公開日
- 2020-11-24
- 更新日
- 2020-11-24
- DDBJ Search
- JGAD000355 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000122 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- AML（ICD10：C920）：106症例
①AML患者の末梢血（白血病細胞）45検体
②AML患者の骨髄液（白血病細胞）19検体
③AML患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓（ヒト白血病細胞）6検体
④AML患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの骨髄液（ヒト白血病細胞）36検体 - 健康状態罹患
- 対象者数106 (人数)
- 疾患
- AML
- 試料説明
- AML患者の末梢血または骨髄液（白血病細胞）から抽出したDNA
AML患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓または骨髄液（ヒト白血病細胞）から抽出したDNA - 組織骨髄、末梢血、脾臓
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- 41遺伝子（NRAS, KRAS, FLT3, TP53, NPM1, KIT, IDH1, IDH2, SF3B1, U2AF1, TET2, DNMT3A, ASXL1, ASXL2, BCOR, RUNX1, KMT2A(MLL), WT1(WT-1), GATA2, STAG2, RAD21, SMC1A, SMC3, MPL, NF1, PTPN11, CSF3R, CBL, CEBPA, SRSF2, DHX15, ZRSR2, EZH2, SETBP1, KDM6A, ETV6, CUX1, PHF6, MGA, ZBTB7A, PPM1D）の翻訳領域
- 試薬キット
- Multiplex PCR + 2nd PCR
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp