データセット ID
JGAD000343
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 128 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0242
- 公開日
- 2021-01-06
- 更新日
- 2021-01-06
- DDBJ Search
- JGAD000343 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000243 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 大腸がん（ICD10：C189）：12症例
原発腫瘍組織：計42検体（3か所、36検体 [内2症例は2組織ずつ6か所]）
PBMC：12検体 - 健康状態罹患
- 対象者数12 (人数)
- 疾患
- 大腸がん (C189)
- 試料説明
- 原発腫瘍組織およびPBMCから抽出したDNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- がん関連の151遺伝子
ClearSeq SS Comprehensive Cancer kits - 試薬キット
- ClearSeq Comprehensive Cancer Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37