データセット ID
JGAD000340
- データの種類
- NGS（WGS）に内在するHHV-6配列
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.5 MB
- ファイル形式
- FASTA
- 研究
- hum0238
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000340 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000240 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- JGAD000220 / AGDD_000005に含まれる全ゲノムシーケンスデータの内、HHV-6のゲノム挿入が確認された検体：10検体
- 対象者数10 (検体数)
- コホートBioBank Japan
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 160 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
HHV-6A - 解析方法
- BWA-MEMを使用して、日本人のNA18999(GenBankアクセッション番号: KY316047.1)から得られたiciHHV-6Aゲノムに対してHHV-6リードをアライメントした。
アラインメントに基づいて、freebayes(バージョン: v1.2.0-2-g29c4002)を使用してバリアントコールを行った(パラメーターploidy = 1およびmin-alternate-fraction = 0.8)。
その後、Genome Analysis Toolkit(GATK)v3.7のFastaAlternateReferenceMakerツールを使用して、結果として得られたバリアントをKY316047.1リファレンスゲノムにパッチすることにより、個人サンプルのiciHHV-6ウイルス配列を生成した。
ヒトゲノムのリファレンスゲノム(hg19)にマッピングされないリードを使用し、HHV-6リファレンスに再度アライメントを行った。
HHV-6カバレッジ高く、ヒトゲノムにおける内在化が疑われる10サンプルを選択した。