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NBDC ヒトデータベース
JGAD000277
公開日
2020-09-28

更新日
2021-05-31

研究
hum0187

データの種類
NGS(Target Capture)

アクセス制限
制限公開(Type I)

JGA Study
JGAS000194

解析手法

Targeted DNA sequencing

材料と対象者

肝細胞がん(ICD10: C220): 243症例 腫瘍組織: 243検体 非腫瘍組織: 59検体

実験方法

Target Capture

ターゲット

Virus integration site(ウイルス配列と、ウイルスのヒト融合配列、および非特異的に生じるウイルス以外のヒト配列を含む)

プラットフォーム

Illumina [MiSeq]

試料説明

肝がんの手術摘出組織の腫瘍組織および非腫瘍組織(腫瘍組織の周辺組織)から抽出したgDNA

ライブラリ構築

Agilent SureSelect XT custom kit

断片化

超音波断片化(Covaris)

リードタイプ

Paired-end

リード長

約200 bp

JGAデータセットAccession
総データ量

640 GB(fastq)

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