データセット ID
JGAD000272
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 252 MB
- ファイル形式
- BAM
- VCF
- 研究
- hum0194
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2025-10-27
- DDBJ Search
- JGAD000272 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000189 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 肺がん（ICD10：C34）：2症例
- 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 肺がん (C34)
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- ABL1, AKT1, AKT3, ALK, APC, ATM, AXL, BCL2L11,
BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CDH1, CD274, CDKN2A,
CFTR, CREBBP, CSF1R, CTNNA3, CTNNB1, CUL3, DCC,
EGFR, EPHA2, EPHA7, ERBB2, ERBB3, ERBB4, FBXW7,
FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, FOXA1, FOXP1,
GNA11, GNAQ, GNAS, GRM3, HGF, HNF1A, HRAS,
IDH1, IDH2, IGF1R, JAK2, JAK3, KDR, KEAP1, KIT,
KLF4, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MC1R, MCL1, MED12,
MERTK, MET, MITF, MLH1, MLL2, MLL3, MPL, MSH2,
MSH6, MTOR, MYC, MYCN, NF1, NF2, NFE2L2, NOTCH1,
NOTCH2, NPM1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA,
PIK3C2B, PIK3CA, PIK3CG, PMS2, PTCH1, PTEN, PTPN11,
RAC1, RAC2, RB1, RET, ROCK2, ROS1, SH2B3, SLIT2,
SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, SOX2, SPOP,
SRC, STK11, TP53, TRAF7, TSC1, TSC2, VHL - 試薬キット
- HaloPlex HS Custom Kit
- 断片化
- 酵素反応（キット付属のカクテル）
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38