データセット ID
JGAD000260
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 103 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0188
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000260 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000179 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 胃がん細胞株：OCUM-8、OCUM-9
- 健康状態罹患
- 対象者数2 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人胃がん細胞株（OCUM-8、OCUM-9）から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- OCUM-8
OCUM-9 - 試料の入手元
- 細胞株は大阪市立大学の八代正和博士より供与された
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 103 bp
104 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
RNA-seq
- 材料と対象者
- 胃がん細胞株：OCUM-8、OCUM-9
- 健康状態罹患
- 対象者数2 (検体数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 日本人胃がん細胞株（OCUM-8、OCUM-9）から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 細胞株
- OCUM-8
OCUM-9 - 試料の入手元
- 細胞株は大阪市立大学の八代正和博士より供与された
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 103 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38