データセット ID
JGAD000258
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq、Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 286 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0153
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000258 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000177 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 脱分化脂肪肉腫（ICD10：C49）：29症例
・腫瘍組織：脱分化型成分29検体、高分化型成分8検体
・非腫瘍組織（末梢血）：29検体
腱鞘巨細胞種（ICD10：D21）：10症例
・腫瘍組織：10検体
・非腫瘍組織：10検体 - 健康状態罹患
- 対象者数39 (人数)
- 疾患
- 脱分化脂肪肉腫 (C49)
腱鞘巨細胞種 (D21) - 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織もしくは末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5
SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA - 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
RNA-seq
- 材料と対象者
- 脱分化脂肪肉腫（ICD10：C49）：19症例
・腫瘍組織：脱分化型成分19検体、高分化型成分7検体
腱鞘巨細胞種（ICD10：D21）：18症例
・腫瘍組織：18検体 - 健康状態罹患
- 対象者数37 (人数)
- 疾患
- 脱分化脂肪肉腫 (C49)
腱鞘巨細胞種 (D21) - 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Exome
TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit - 断片化
- 熱処理
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 126 bp
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 腱鞘巨細胞種（ICD10：D21）：34症例
・腫瘍組織：34検体
・非腫瘍組織：34検体 - 健康状態罹患
- 対象者数34 (人数)
- 疾患
- 腱鞘巨細胞種 (D21)
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- CBL遺伝子領域
- 試薬キット
- TruSeq Nano DNA Library Prep Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp