データセット ID
JGAD000242
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 4.4 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0157
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000242 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000164 (新しいタブで開きます)
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- がん：183症例（腫瘍FFPE検体および正常血液検体のペア）
肺がん（ICD10：C34）：53症例
肉腫（ICD10：C40-41）：39症例
大腸がん（ICD10：C17-20）：24症例
子宮がん（ICD10：C54）：15症例
卵巣がん（ICD10：C56）：12症例
子宮肉腫（ICD10：C54）：8症例
下咽頭癌がん（ICD10：C13）：4症例
腺様嚢胞がん（ICD10：C07-08）：4症例
原発不明がん（ICD10：D48）：5症例
その他組織型のがん：19症例 - 健康状態罹患
- 対象者数183 (人数)
- 疾患
- 肺がん
- 肉腫
- 大腸がん
- 子宮がん
- 卵巣がん
- 子宮肉腫
- 下咽頭癌がん
- 腺様嚢胞がん
- 原発不明がん
- 試料説明
- 腫瘍FFPE検体から抽出したDNA, RNA、および正常血液から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 測定対象
- DNAパネルは464遺伝子
RNAパネルは449遺伝子
supplementary table 1参照
http://todaioncopanel.umin.jp/ - 試薬キット
- SureSelect Custom
- 断片化
- 酵素反応（Kapa Biosystems）
- プラットフォーム
- Illumina NextSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp