データセット ID
JGAD000237
- データの種類
- 日本人3,552名の常染色体、X染色体、ミトコンドリアのアレル頻度情報
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.5 GB
- ファイル形式
- VCF
- TBI
- 研究
- hum0015
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000237 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000159 (新しいタブで開きます)
解析手法
WGS
- 材料と対象者
- 日本人一般住民：3,552名
- 健康状態健常
- 対象者数3552 (人数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris LE220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 162 bp
259 bp - 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- N/A
- マッピング品質
- N/A
- QC・フィルタリング
- quantitative MiSeq（doi: 10.1016/j.ab.2014.08.015）
- 解析方法
- N/A
- カバレッジ (深度)
- 27.2x (162PE)
21.3x (259PE) - バリアント数
- 常染色体: 50,500,000 SNVs + Indels (約)
X染色体: 2,000,000 SNVs + Indels (約)
ミトコンドリア: 2500 SNVs (約)