データセット ID
JGAD000221
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
メチル化アレイ
SNPアレイ - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 204 GB
- ファイル形式
- BAM
- IDAT
- CEL
- 研究
- hum0144
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000221 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000147 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群（ICD10：C91.0）：25症例
- 健康状態罹患
- 対象者数25 (人数)
- 疾患
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群 (C910)
- 試料説明
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群症例の骨髄液（腫瘍細胞含む）から抽出したRNA
- 組織骨髄
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
Illumina HiSeq 2500 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
Genotyping by array
- 材料と対象者
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群（ICD10：C91.0）：36症例
- 健康状態罹患
- 対象者数36 (人数)
- 年齢層小児
- 疾患
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群 (C910)
- 試料説明
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群症例の骨髄液（腫瘍細胞含む）から抽出したDNA
- 組織骨髄
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- CytoScan HD Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix CytoScan HD
Affymetrix GeneChip Human Mapping 250K Nsp Array - 解析方法
- Genotyping Console ver. 4.2.0.26
- バリアント数
- 750,000 SNPs
250,000 SNPs
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群（ICD10：C91.0）：36症例
- 健康状態罹患
- 対象者数36 (人数)
- 年齢層小児
- 疾患
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群 (C910)
- 試料説明
- B前駆細胞性急性リンパ性白血病を併発するダウン症候群症例の骨髄液（腫瘍細胞含む）から抽出したDNA
- 組織骨髄
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kit
Infinium MethylationEPIC BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina Infinium HumanMethylation450
Illumina Infinium MethylationEPIC - 解析方法
- iScan system、GenomeStudio Software （Illumina）
- プローブ数
- 450,000
850,000