2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2026-06-03
- 研究
- hum0006
- データの種類
- グリオーマ NGS(Exome、RNA-seq)、Methylation array
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000146
解析手法
WES
- 材料と対象者
脳腫瘍: アストロサイトーマ(ICD10: C71): 6症例(23検体) オリゴデンドログリオーマ(ICD10: C71): 16症例(48検体) 小脳グリオーマ(ICD10: C71): 17症例 (34検体) グリオーマ(ICD10: C71): 12症例(腫瘍組織: 25検体、非腫瘍組織: 12検体) 初発時と再発時のペア: 11症例、初発時のみ1症例
- 実験方法
Exome
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2000]
- 試料説明
初発時・再発時の腫瘍組織(または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織)および末梢血(非腫瘍組織)から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Agilent SureSelect Human All Exon v.4
- 断片化
超音波断片化(Covaris SS)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
JGAD000215(初発時グレードII/IIIグリオーマとその再発時腫瘍36検体、ペア正常血液 16検体)
- 総データ量
JGAD000004: 375.31 GB(fastq、bam [ref: hg19]) JGAD000106: 885.30 GB(fastq、bam [ref: hg19]) JGAD000112: 506.99 GB(fastq、bam [ref: hg19]) JGAD000215: 1.32 TB(fastq、bam [ref: hg19]) JGAD000218: 552.72 GB(fastq、bam [ref: hg19])
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