データセット ID
JGAD000208
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 48.1 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0106
- 公開日
- 2021-10-27
- 更新日
- 2021-10-27
- DDBJ Search
- JGAD000208 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000139 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 3名の大腸がん（ICD10：C18）患者由来3次元培養細胞
・大腸がん2症例由来の腫瘍組織
（HCT24から2検体、HCT25から3検体）
・大腸がん1症例由来の非腫瘍組織（HCT71）
から樹立された培養細胞 - 健康状態罹患
- 対象者数6 (検体数)
- 疾患
- 大腸がん (C18)
- 試料説明
- 培養細胞各1細胞から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 細胞株
- Patient-derived cell line
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3' v1
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- Read1(transcript): 50 bp
Read2(UMI): 15 bp
Index1(CellBarcode): 14 bp
Index2(Sample Index): 8 bp