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NBDC ヒトデータベース

カートに入れたデータセットはありません。

システムメンテナンスに伴い、以下の日程で、NBDCヒトデータベース申請システムならびにヒトデータ審査委員会による審査が停止いたします。
停止期間:2026年10月5日(月) 9:00 ~ 10月7日(水) 15:00
ご迷惑をおかけしますが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所(NIG)バイオデータ研究拠点(BSI)ライフサイエンス統合データベース部門(DBCLS)」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

データセット ID

JGAD000203

データの種類
NGS(Exome、RNA-seq)
アクセス制限
制限公開(Type I)
総データ量
178 GB
ファイル形式
  • FASTQ
  • BAM
研究
hum0138
公開日
2020-09-28
更新日
2021-03-17

解析手法

WES

材料と対象者
肝硬変(ICD10:K746):1症例(10検体)
肝がん(ICD10:C220):4症例(4検体)
  • 健康状態
    罹患
  • 対象者数
    14 (検体数)
疾患
肝硬変 (K746)
肝がん (C220)
試料説明
肝硬変病変部、腫瘍組織、及び非腫瘍組織切片から抽出したDNA
  • 組織
    肝臓
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    混在
試料の入手元
N/A
実験方法
WES
測定対象
N/A
試薬キット
SureSelect Human All Exon V5
断片化
超音波断片化
プラットフォーム
Illumina HiSeq 2500
リードタイプ
ペアエンド
リード長
100 bp
参照ゲノム
GRCh37

RNA-seq

材料と対象者
肝硬変(ICD10:K746):9症例(15検体)
健常者:7名
生体肝移植手術の過程で得られた健常者の正常肝組織の余剰組織
  • 健康状態
    混在
  • 対象者数
    22 (混在)
疾患
肝硬変 (K746)
試料説明
肝硬変症例の肝硬変病変部、非腫瘍組織切片及び健常者の正常肝組織から抽出したRNA
  • 組織
    肝臓
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    非腫瘍
試料の入手元
N/A
実験方法
RNA-seq
測定対象
N/A
試薬キット
TruSeq RNA Library Prep Kit
断片化
超音波断片化
プラットフォーム
Illumina HiSeq 4000
リードタイプ
ペアエンド
リード長
100 bp
参照ゲノム
GRCh37