データセット ID
JGAD000203
- データの種類
- NGS(Exome、RNA-seq)
- アクセス制限
- 制限公開(Type I)
- 総データ量
- 178 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- 研究
- hum0138
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2021-03-17
- DDBJ Search
- JGAD000203 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000134 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 肝硬変(ICD10:K746):1症例(10検体)
肝がん(ICD10:C220):4症例(4検体) - 健康状態罹患
- 対象者数14 (検体数)
- 疾患
- 肝硬変 (K746)
肝がん (C220) - 試料説明
- 肝硬変病変部、腫瘍組織、及び非腫瘍組織切片から抽出したDNA
- 組織肝臓
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
RNA-seq
- 材料と対象者
- 肝硬変(ICD10:K746):9症例(15検体)
健常者:7名
生体肝移植手術の過程で得られた健常者の正常肝組織の余剰組織 - 健康状態混在
- 対象者数22 (混在)
- 疾患
- 肝硬変 (K746)
- 試料説明
- 肝硬変症例の肝硬変病変部、非腫瘍組織切片及び健常者の正常肝組織から抽出したRNA
- 組織肝臓
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq RNA Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 4000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37