データセット ID
JGAD000142
- データの種類
- NGS（ChIP-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 10.7 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- bigWig
- 研究
- hum0129
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
- JGAD000142 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000131 (新しいタブで開きます)
解析手法
ChIP-seq
- 材料と対象者
- CHARGE症候群（ICD10：Q878）：2症例（2検体ずつ計4検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- CHARGE症候群 (Q878)
- 試料説明
- CHARGE症候群患者由来皮膚線維芽細胞より樹立したiPS細胞から分化誘導した神経上皮様細胞から抽出したDNA
抗ヒストン抗体（H3K27ac）を用いて免疫沈降 - 組織Dermal fibroblast、Neuroepithelial cell
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 細胞株
- iPSC
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- KAPA Hyper Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S2）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- シングルエンド
- リード長
- 50 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- 表現型データの有無
- あり