データセット ID
JGAD000137
- データの種類
- NAFLD264症例および対照7672名のGWAS
NASH580症例および対照7672名のGWAS
NASH-HCC58症例および対照7672名のGWAS - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 14.1 MB
- ファイル形式
- XLSX
- 研究
- hum0119
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2021-04-20
- DDBJ Search
- JGAD000137 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000126 (新しいタブで開きます)
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- NAFLD（ICD10：K76.0）：264症例
NASH（ICD10：K75.81）：580症例
NASH-HCC（ICD10：C220）：58症例
対照者：7672名 - 健康状態混在
- 対象者数8574 (人数)
- 疾患
- NAFLD (K760)
NASH (K758)
NASH-HCC (C220) - 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Human610-Quad BeadChip Kit
HumanCoreExome BeadChip Kit
HumanOmni2.5 BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina Human610-Quad
Illumina HumanCoreExome
Illumina HumanOmni2.5 - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- sample call-rate < 0.95、PCAにより日本人集団から逸脱、近縁（pihat > 0.38）
SNP call-rate < 0.99、HWE-p < 1e-6、MAF < 0.01を除外 - 解析方法
- GenomeStudio（Illumina）
- バリアント数
- 93,606 SNPs
- 表現型データの有無
- あり