2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- 研究
- hum0108
- データの種類
- メチル化アレイ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000111
解析手法
メチル化アレイ
- 材料と対象者
パニック症患者(ICD10: F410): 48症例 対照健常者: 48名 (一卵性双生児不一致例１組を含む)
- 実験方法
メチル化アレイ
- プラットフォーム
Illumina Infinium® Human Methylation 450K BeadChip
- 試料説明
末梢血から抽出したDNA
- 試薬
バイサルファイト変換: EZ DNA Methylation™ Kit メチル化解析: Infinium® Human Methylation 450K BeadChip kit
- 解析方法
iScan system and GenomeStudio Software
- フィルタリング
detection P value < 0.01のβ値は欠測値とした上で以下の条件を満たすprobeについて解析対象とした (1) probe call rate >95% (2) 性染色体上にない (3) probeがその配列にマイナーアリル頻度が5%以上のSNPを含まない (4) probeがゲノム上のターゲット領域以外にハイブリダイズする可能性があると報告されていない*1
- 正規化
(1) Lumi: quantile normalizationbeta mixture quantile*2 (2) BMIQ normalization*3 (3) ComBat*4
- プローブ数
376,602 methylation sites (reference: hg19)
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
485 MB(xlsx)
- 利用ポリシー