データセット ID
JGAD000120
- データの種類
- メチル化アレイ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 439 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0108
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000120 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000111 (新しいタブで開きます)
解析手法
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- パニック症患者（ICD10：F410）：48症例
対照健常者：48名
（一卵性双生児不一致例1組を含む） - 健康状態混在
- 対象者数96 (人数)
- 疾患
- パニック症患者
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- EZ DNA Methylation Kit
Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina Infinium HumanMethylation450
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- detection P value < 0.01のβ値は欠測値とした上で以下の条件を満たすprobeについて解析対象とした
(1) probe call rate >95%
(2) 性染色体上にない
(3) probeがその配列にマイナーアリル頻度が5%以上のSNPを含まない
(4) probeがゲノム上のターゲット領域以外にハイブリダイズする可能性があると報告されていない*1 - 正規化
- (1) Lumi: quantile normalizationbeta mixture quantile*2
(2) BMIQ normalization*3
(3) ComBat*4 - 解析方法
- iScan system and GenomeStudio Software
- プローブ数
- 376,602 (メチル化サイト)