データセット ID
JGAD000089
- データの種類
- NGS（Exome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 1.2 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0065
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000089 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000089 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- 大腸がん：8症例、肺がん：2症例、子宮頸部小細胞がん：2症例
1. 血球細胞：12検体（大腸がん 8検体、肺がん 2検体、子宮頸部小細胞がん 2検体）
2. CTOS（初代）：患者さんの腫瘍組織から調整したCTOS：5検体（大腸がん2検体、肺がん2検体、子宮頸部小細胞がん1検体）
3. CTOS（継代）：
a. 2. のCTOS をマウスに移植して得られた腫瘍組織から調整したCTOS：14検体
1代：1検体（大腸がん1検体）
2代：4検体（子宮頸部小細胞がん1検体、大腸がん3検体）
3代：5検体（大腸がん3検体、肺がん2検体）
5代：4検体（大腸がん2検体、肺がん2検体）
b. 2. のCTOSをin vitroで培養した細胞から調整したCTOS：3検体（肺がん2検体、大腸がん1検体）
2代：1検体（肺がん1検体）
5代：2検体（肺がん1検体、大腸がん1検体） - 健康状態罹患
- 対象者数12 (人数)
- 試料説明
- 血球細胞およびCTOSから抽出したDNA
- 組織CTOS、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris E220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 表現型データの有無
- あり