データセット ID
JGAD000061
- データの種類
- 【ゲノム・遺伝子解析研究】大腸がん、胃がん、肺がんの臨床情報、多型情報、発現情報、メチル化情報
【後ろ向き研究】大腸がん、胃がん、肺がん、糖尿病・腎障害、循環器疾患、呼吸器疾患症例の臨床情報 - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 41.8 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0064
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-11-18
- DDBJ Search
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- JGA Study
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このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| TaqMan_ | 43.7 KB | ||
| hum0064_ | 17.1 KB |
解析手法
Sanger sequencing + TaqMan + qRT-PCR + Microarray (薬剤代謝遺伝子 SNP / がん)
- 材料と対象者
- 大腸がん：106症例、胃がん：62症例、肺がん：173症例
- 健康状態罹患
- 対象者数341 (人数)
- 年齢層混在
- 試料説明
- 【ダイレクトシークエンス法】 腫瘍組織もしくは非腫瘍組織から抽出したDNA
【TaqMan法】 腫瘍組織もしくは非腫瘍組織から抽出したDNA
【qRT-PCR法】 腫瘍組織から抽出したRNA
【COBRA法】 腫瘍組織から抽出したDNA
【マイクロアレイ法】 腫瘍組織から抽出したRNA - 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 実験方法
- Expression array
qRT-PCR
Sanger sequencing - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- EZ DNA Methylation-Gold Kit
Quick-Amp Labeling Kit
TaqMan SNP Genotyping Assays
ABsolute QPCR Mix
AmpliTaq Gold - プラットフォーム
- Agilent DNA Microarray Scanner
Agilent Whole Human Genome Microarray 4x44K
Applied Biosystems Genetic Analyzer 3130
Roche LightCycler 480II - 正規化
- JGA000061の実験の補足情報を参照のこと
- 表現型データの有無
- あり
臨床・治療情報
- 材料と対象者
- 【がん症例】
大腸がん：313 症例
胃がん：166 症例
肺がん：344 症例
【非がん症例】
糖尿病・腎障害：300 症例
循環器疾患：357 症例
呼吸器疾患：49 症例 - 健康状態混在
- 対象者数1529 (人数)
- 年齢層混在
- 表現型データの有無
- あり