データセット ID
JGAD000059
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
メチル化アレイ - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 330 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TXT
- 研究
- hum0055
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000059 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000059 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- NAFLD患者由来の肝臓組織：60検体
- 健康状態罹患
- 対象者数60 (検体数)
- 試料説明
- NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したmRNA
- 組織肝臓
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect XT RNA Target Enrichment
- 断片化
- 化学的断片化
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
メチル化アレイ
- 材料と対象者
- NAFLD患者由来の肝臓組織：60検体（56検体RNA-seqと重複）
- 健康状態罹患
- 対象者数60 (検体数)
- 試料説明
- NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したDNA
- 組織肝臓
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Methylation array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- EZ DNA Methylation Kit
Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina Infinium HumanMethylation450
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- 除外プローブ：
2サンプル以上で蛍光強度がバックグランドと区別できないプローブ（検出力 p>0.05）
5%以上のサンプルでビーズ数が3未満のプローブ
SNPが存在するプローブ
交差反応するプローブ - 正規化
- DNAメチル化の生データはインターナル・コントロールのプローブで補正。
2つのタイププローブについてはbeta-mixture quantile normalizationにて補正。
バッチエフェクトはComBat（R/Bioconductor package ChAM）にて補正。 - 解析方法
- GenomeStudio Software （Illumina）
- プローブ数
- 431,736 (CpGs 常染色体上)