2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- 研究
- hum0055
- データの種類
- NGS(RNA-seq) メチル化アレイ
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000059
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
NAFLD患者由来の肝臓組織: 60検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [HiSeq 2500]
- 試料説明
NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したmRNA
- ライブラリ構築
Agilent SureSelectXT RNA Target Enrichment for Illumina Multiplexed Sequencing
- 断片化
化学的断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
307 GB(fastq [3,516,104,874 reads / 974 files)
- 利用ポリシー
メチル化アレイ
- 材料と対象者
NAFLD患者由来の肝臓組織: 60検体(56検体RNA-seqと重複)
- 実験方法
メチル化アレイ
- プラットフォーム
Illumina Infinium® Human Methylation 450K BeadChip
- 試料説明
NAFLD患者由来の肝臓組織から抽出したDNA
- 試薬
バイサルファイト変換: EZ DNA Methylation™ Kit(Zymo Research) メチル化解析: Infinium® Human Methylation 450K BeadChip kit(Illumina)
- 解析方法
GenomeStudio Software (Illumina)
- フィルタリング
除外プローブ: 2サンプル以上で蛍光強度がバックグランドと区別できないプローブ(検出力 p>0.05) 5%以上のサンプルでビーズ数が3未満のプローブ SNPが存在するプローブ 交差反応するプローブ
- 正規化
DNAメチル化の生データはインターナル・コントロールのプローブで補正。 2つのタイププローブについてはbeta-mixture quantile normalizationにて補正。 バッチエフェクトはComBat(R/Bioconductor package ChAM)にて補正。
- プローブ数
431,736 CpGs(常染色体上、reference [hg19])
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
300 MB(txt)
- 利用ポリシー