データセット ID
JGAD000052
- データの種類
- NGS（Exome、Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 2.8 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0041
- 公開日
- 2020-09-28
- 更新日
- 2020-09-28
- DDBJ Search
- JGAD000052 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000052 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES + Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- 難治性肝がん33症例の腫瘍組織および周囲の非腫瘍組織
・ミラノ基準外再発例：16症例
・ミラノ基準内例：17症例 - 健康状態罹患
- 対象者数33 (人数)
- 試料説明
- 主腫瘍組織および周囲の非腫瘍組織から抽出したgDNA
（フェノール・クロロホルム法） - 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
WES - 測定対象
- SureSelect Human All Exon V4 + HBVゲノム + lincRNA
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V4
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris S220）
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
- 表現型データの有無
- あり