データセット ID
E-GEAD-887
- データの種類
- 視神経脊髄炎関連疾患のscRNA-seqの統合データ
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.5 GB
- ファイル形式
- TXT
- RDS
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2024-12-04
- 更新日
- 2024-12-04
- DDBJ Search
- E-GEAD-887 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- 視神経脊髄炎関連疾患（NMOSD）（ICD10：G36.0）：25症例
- 健康状態罹患
- 対象者数25 (人数)
- 疾患
- 視神経脊髄炎関連疾患（NMOSD）
- 試料説明
- PBMCから抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit
Chromium Next GEM Single Cell 5' v1.1
Single Index Kit T Set A - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 90 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger 6.0.0
- QC・フィルタリング
- We removed cells that had fewer than 1,000 UMIs or greater than 99th percentile of UMIs in each sample, fewer than 200 feature counts or greater than 99th percentile of feature counts in each sample, greater than 12% of reads from mitochondrial genes, or greater than 10% of reads from hemoglobin genes. We further excluded putative doublets using DoubletFinder (v2.0.3) for each sample.
- 解析方法
- Cell Ranger 6.0.0
- 遺伝子数
- 26,135 (features)