2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
NBDC ヒトデータベース申請業務ならびにJGA関係の業務につきまして、以下の期間休業いたします：2026年8月12日(水) 〜 2026年8月17日(月) 休業期間中にいただいた申請やお問い合わせ等は、休業明けの 8月18日(火) より順次対応させていただきます。 上記休業期間の前後は通常より対応が遅れることがあります。予めご了承ください。 ご迷惑をおかけいたしますが、ご理解とご協力をお願いいたします。
- 公開日
- 2024-12-18
- 更新日
- 2024-12-18
- 研究
- hum0197
- データの種類
- 視神経脊髄炎関連疾患のscRNA-seqの統合データ
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
視神経脊髄炎関連疾患(NMOSD)(ICD10: G36.0): 25症例
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
PBMCから抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 5' Library & Gel Bead Kit v1.1、Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit、Single Index Kit T Set A
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
90 bp
- 解析方法
Cell Ranger 6.0.0
- フィルタリング
We removed cells that had fewer than 1,000 UMIs or greater than 99th percentile of UMIs in each sample, fewer than 200 feature counts or greater than 99th percentile of feature counts in each sample, greater than 12% of reads from mitochondrial genes, or greater than 10% of reads from hemoglobin genes. We further excluded putative doublets using DoubletFinder (v2.0.3) for each sample.
- マッピング
Cell Ranger 6.0.0
- リファレンス配列
GRCh38
- 遺伝子数
26,135 features
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
1,477 MB(rds)
- 利用ポリシー