データセット ID
E-GEAD-883
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 2.0 MB
- ファイル形式
- TXT
- CSV
- 研究
- hum0442
- 公開日
- 2024-12-06
- 更新日
- 2024-12-06
- DDBJ Search
- E-GEAD-883 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 進行・再発非小細胞肺がん（ICD10：C349）：20症例
腫瘍組織（FFPE検体）：20検体 - 健康状態罹患
- 対象者数20 (人数)
- 疾患
- 進行・再発非小細胞肺がん (C349)
- 試料説明
- 腫瘍組織から抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
SMART-Seq Stranded Kit - 断片化
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh37
GRCh38 - マッピング
- The count data was mapped to the reference genome using STAR aligner for calculation.
- QC・フィルタリング
- Read count and TPM data calculated after adapter trimming of fastq files.
- 解析方法
- HTSeq
- 遺伝子数
- カウントデータ: 25,559
TPMデータ: 14,222