2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2024-06-24
- 更新日
- 2026-08-13
- 研究
- hum0343
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のNGS (RNA-seq) から得られたリードカウントデータ COVID19感染者末梢血のタンパク質発現量
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
COVID-19感染者 (ICD-10: U071) : 1,019症例
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血より抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext® Poly (A) mRNA Magnetic Isolation Module、NEBNext® Ultra™ Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
Mg2+含有バッファー中94°C 15分間にて加熱処理
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
100 bp
- 解析方法
Gene level quantification and normalization: RSEM (v1.3.0)
- フィルタリング
Transcripts per kilobase million (TPM) ≥ 0.1 in ≥ 20% samples Read count ≥ 6 in ≥ 20% samples
- マッピング
Alignment: STAR (v2.5.3a) Annotation: GENCODE v30
- リファレンス配列
GRCh38/hg38
- 遺伝子数
20329
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
91.6 MB (tsv)
- 利用ポリシー
Protein expression (2932 proteins)
- 材料と対象者
COVID-19感染者 (ICD-10: U071) : 1,384症例
- 実験方法
タンパク質発現量 (タンパク質数: 2932)
- プラットフォーム
Olink [Olink Explore 3072]
- 試料説明
血漿
- ライブラリ構築
Olink Explore 3072
- 解析方法
OlinkAnalyze v3.4.1
- 正規化
Normalized Protein eXpression (NPX) transformation
- バリデーション
Bridge sample comparison
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
91.6 MB (tsv)
- 利用ポリシー