データセット ID
E-GEAD-759
- データの種類
- COVID19感染者末梢血のNGS（RNA-seq）から得られたリードカウントデータ
COVID19感染者末梢血のタンパク質発現量 - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 93.8 MB
- ファイル形式
- TXT
- TSV
- 研究
- hum0343
- 公開日
- 2024-06-28
- 更新日
- 2024-06-28
- DDBJ Search
- E-GEAD-759 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| olink-explore-3072-assay-list-2024-03-19.xlsx | 212 KB |
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- COVID-19感染者（ICD-10：U071）：1,019症例
- 健康状態罹患
- 対象者数1019 (人数)
- 疾患
- COVID-19感染者
- 試料説明
- 末梢血より抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module
NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina - 断片化
- Mg2+含有バッファー中94°C 15分間にて加熱処理
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 100 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Alignment： STAR (v2.5.3a)
Annotation： GENCODE v30 - QC・フィルタリング
- Transcripts per kilobase million (TPM) ≥ 0.1 in ≥ 20% samples
Read count ≥ 6 in ≥ 20% samples - 解析方法
- Gene level quantification and normalization： RSEM (v1.3.0)
- 遺伝子数
- 20,329
Protein expression (2932 proteins)
- 材料と対象者
- COVID-19感染者（ICD-10：U071）：1,384症例
- 健康状態罹患
- 対象者数1384 (人数)
- 疾患
- COVID-19感染者
- 試料説明
- 血漿
- 組織血漿
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 実験方法
- Proteomics
- 試薬キット
- Olink Explore 3072
- プラットフォーム
- Olink Explore 3072
- 正規化
- Normalized Protein eXpression (NPX) transformation
Bridge sample comparison - 解析方法
- OlinkAnalyze v3.4.1