2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2023-08-29
- 更新日
- 2026-03-30
- 研究
- hum0406
- データの種類
- NGS(RNA-seq)
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
SFTPCバリアントにおける家族性間質性肺炎(ICD10: J84.9): 1症例 1: 患者血液から樹立したiPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM+CPM+細胞: 3検体 2: 患者血液から樹立したiPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM-CPM-細胞: 3検体 3: 患者血液から樹立した修復iPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM+CPM+細胞: 3検体 4: 患者血液から樹立した修復iPS細胞由来肺胞オルガノイドのEpCAM-CPM-細胞: 3検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NextSeq 2000]
- 試料説明
フローサイトメトリーにより分離した誘導型2型肺胞上皮(iAT2)細胞(EpCAM+CPM+)および線維芽細胞(EpCAM-CPM-)より抽出したRNA
- ライブラリ構築
Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus kit
- 断片化
高温条件下での2価陽イオンによる断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
59 bp x 2
- 解析方法
HTSeq package
- フィルタリング
RSeQC package
- マッピング
STAR 2.7.10b
- リファレンス配列
GRCh38
- 遺伝子数
36,602遺伝子
- JGAデータセットAccession
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
JGAD000746: 27.7 GB(fastq) E-GEAD-623: 2.16 MB(csv)
- 利用ポリシー