データセット ID
E-GEAD-552
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
NGS（ATAC-seq） - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 44.4 MB
- ファイル形式
- TXT
- 研究
- hum0366
- 公開日
- 2023-03-20
- 更新日
- 2023-03-20
- DDBJ Search
- E-GEAD-552 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- 健常者：4名（各4検体）
- 健康状態健常
- 対象者数4 (人数)
- 試料説明
- 末梢血単核細胞由来の単球から抽出したRNA
- 組織単球
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- Tagmentation（Nextera XT DNA Library Preparation Kit）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 101 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- HISAT2
- QC・フィルタリング
- Trimmomatic software（version 0.38）を用いて、Low-quality（<20）塩基とアダプター配列を除去した。（設定パラメータは以下の通り: ILLUMINACLIP: path/to/adapter.fa:2:30:10 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36）
- 解析方法
- featureCounts（version 1.6.3）
- 遺伝子数
- 31,706 genes
ATAC-seq
- 材料と対象者
- 健常者：5名（各4検体ないしは5検体）
- 健康状態健常
- 対象者数5 (人数)
- 試料説明
- 末梢血単核細胞由来の単球から抽出したDNA
- 組織単球
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- ATAC-Seq Kit
- 断片化
- Tagmentation（ATAC-Seq Kit）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Bowtie2
- QC・フィルタリング
- Trimmomatic software（version 0.38）を用いて、Low-quality（<20）塩基とアダプター配列を除去した。（設定パラメータは以下の通り: ILLUMINACLIP: path/to/adapter.fa:2:30:10 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36）
- 解析方法
- featureCounts（version 1.6.3）
- ピーク数
- 33,548 peaks