2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2023-03-16
- 更新日
- 2023-03-16
- 研究
- hum0366
- データの種類
- NGS(RNA-seq) NGS(ATAC-seq)
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
健常者: 4名(各4検体)
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血単核細胞由来の単球から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Nextera XT DNA Library Preparation Kit
- 断片化
Tagmentation(Nextera XT DNA Library Preparation Kit)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
101 bp
- 解析方法
featureCounts(version 1.6.3)
- フィルタリング
Trimmomatic software(version 0.38)を用いて、Low-quality(<20)塩基とアダプター配列を除去した。(設定パラメータは以下の通り: ILLUMINACLIP: path/to/adapter.fa: 2: 30: 10 LEADING: 20 TRAILING: 20 SLIDINGWINDOW: 4: 15 MINLEN: 36)
- マッピング
HISAT2
- リファレンス配列
hg38
- 遺伝子数
31,706 genes
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
2.3495 GB(txt)
- 利用ポリシー
ATAC-seq
- 材料と対象者
健常者: 5名(各4検体ないしは5検体)
- 実験方法
ATAC-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血単核細胞由来の単球から抽出したDNA
- ライブラリ構築
ATAC-Seq Kit
- 断片化
Tagmentation(ATAC-Seq Kit)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
150 bp
- 解析方法
featureCounts(version 1.6.3)
- フィルタリング
Trimmomatic software(version 0.38)を用いて、Low-quality(<20)塩基とアダプター配列を除去した。(設定パラメータは以下の通り: ILLUMINACLIP: path/to/adapter.fa: 2: 30: 10 LEADING: 20 TRAILING: 20 SLIDINGWINDOW: 4: 15 MINLEN: 36)
- マッピング
Bowtie2
- リファレンス配列
hg38
- ピーク数
33548 peaks
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
2.3495 GB(txt)
- 利用ポリシー