2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2023-03-16
- 更新日
- 2023-03-16
- 研究
- hum0366
- データの種類
- NGS(scRNA-seq)
- アクセス制限
- 非制限公開
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
COVID-19患者 (ICD10: U07.1): 16症例 ARDS合併: 8症例 ARDS非合併: 8症例 対照健常者: 5名
- 実験方法
scRNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血単核細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell 5′ Library & Gel Bead Kit v1.1、Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit、Single Index Kit T Set A
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
Read1: 26 bp Read2: 91 bp
- 解析方法
dropEst
- フィルタリング
UMI値が1,000未満または20,000以上の細胞、およびミトコンドリア遺伝子またはヘモグロビン遺伝子からのリードが10%以上含まれる細胞はlow qualityと判断し、解析から除外した。また、各サンプル毎にScrubletを用いて、推定ダブレットを除去した。
- マッピング
STAR
- リファレンス配列
GRCh38
- 遺伝子数
24,541 genes
- Genomic Expression Archive Accession
- 総データ量
2.3495 GB(txt)
- 利用ポリシー