データセット ID
E-GEAD-551
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 993 MB
- ファイル形式
- RDS
- 研究
- hum0366
- 公開日
- 2023-03-20
- 更新日
- 2023-03-20
- DDBJ Search
- E-GEAD-551 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- COVID-19患者 （ICD10：U07.1）：16症例
ARDS合併：8症例
ARDS非合併：8症例
対照健常者：5名 - 健康状態混在
- 対象者数21 (人数)
- 疾患
- COVID-19患者
- 試料説明
- 末梢血単核細胞から抽出したRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit
Chromium Next GEM Single Cell 5' v1.1
Single Index Kit T Set A - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- Read1: 26 bp
Read2: 91 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR
- QC・フィルタリング
- UMI値が1,000未満または20,000以上の細胞、およびミトコンドリア遺伝子またはヘモグロビン遺伝子からのリードが10%以上含まれる細胞はlow qualityと判断し、解析から除外した。また、各サンプル毎にScrubletを用いて、推定ダブレットを除去した。
- 解析方法
- dropEst
- 遺伝子数
- 24,541 genes