データセット ID
E-GEAD-1086
- データの種類
- JGAS000805 / JGAD000947の加工データ
NGS（scRNA-seq、scRNA-TCR-seq、scATAC-RNA-seq）のリードカウントデータ
TCRレパトア情報
オープンクロマチン領域情報 - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 15.5 GB
- ファイル形式
- TXT
- CSV
- TAR
- 研究
- hum0491
- 公開日
- 2025-07-03
- 更新日
- 2025-07-03
- DDBJ Search
- E-GEAD-1086 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq (± CITE-seq)
- 材料と対象者
- 慢性扁桃炎（ICD10：J35.0）：4症例
扁桃組織検体からFACSで分離したCD4+T細胞：8検体（whole 4検体、Tfr1-enriched 4検体） - 健康状態罹患
- 対象者数4 (人数)
- 疾患
- 慢性扁桃炎 (J350)
- 試料説明
- 扁桃検体からFACSで分離したCD4+T細胞
- 組織扁桃
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CITE-seq
scRNA-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 3' v3.1
TotalSeq-A
TotalSeq-B - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger v6.1.1
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger v6.1.1
- 解析方法
- Cell Ranger v6.1.1
- 遺伝子数
- N/A
scRNA-seq + scTCR-seq (± CITE-seq)
- 材料と対象者
- 慢性扁桃炎（ICD10：J35.0）：5症例
扁桃組織検体からFACSで分離したCD4+T細胞：10検体（whole 5検体、Tfr1-enriched 5検体） - 健康状態罹患
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- 慢性扁桃炎 (J350)
- 試料説明
- 扁桃検体からFACSで分離したCD4+T細胞
- 組織CD4 陽性 T 細胞、扁桃
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
TCR-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
TotalSeq-C - 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger v6.1.1（10× Genomics）
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger v6.1.1
- 解析方法
- Cell Ranger v6.1.1
- 表現型データの有無
- あり
scATAC-seq + scRNA-seq
- 材料と対象者
- 慢性扁桃炎（ICD10：J35.0）：2症例
扁桃組織検体からFACSで分離したCD4+T細胞：4検体（whole 2検体、Tfr1-enriched 2検体） - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- 慢性扁桃炎 (J350)
- 試料説明
- 扁桃検体からFACSで分離したCD4+T細胞
- 組織扁桃
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scATAC-seq
scRNA-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- N/A
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger ARC v2.0.0
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger ARC v2.0.0
- 解析方法
- Cell Ranger ARC v2.0.0
- ピーク数
- N/A