データセット ID
E-GEAD-1076
- データの種類
- NGS（scRNA-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 309 MB
- ファイル形式
- CSV
- RDS
- HDF5
- 研究
- hum0416
- 公開日
- 2025-06-02
- 更新日
- 2025-06-02
- DDBJ Search
- E-GEAD-1076 (新しいタブで開きます)
解析手法
scRNA-seq
- 材料と対象者
- ベーチェット症候群（ICD10：M35.2）：11症例
血液（10x chromium）：10症例10検体
血液（BD Rhapsody）：4症例4検体（10x chromiumと重複）
脳脊髄液（BD Rhapsody）：3症例3検体（内、2症例は10x chromiumと重複） - 健康状態罹患
- 対象者数11 (人数)
- 疾患
- ベーチェット症候群
- 試料説明
- 血液または脳脊髄液より分離した単細胞から抽出したmRNA
- 組織脳脊髄液、末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell 5' v2
BD Rhapsody WTA Reagent Kit - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 10x chromium: 91 bp
BD Rhapsody: 150 bp - 参照ゲノム
- GRCh38
- QC・フィルタリング
- 10x chromium：Cell Ranger Matrics
BD Rhapsody：BD Rhapsody Sequence Analysis Pipeline basic algorithm for putative cell identification - 解析方法
- 10x chromium：CellRanger （version 6.0.6）
BD Rhapsody：BD Rhapsody Sequence Analysis Pipeline （version 1.12） - 加工データの種類
- 遺伝子発現行列