データセット ID
DRA019274
- データの種類
- NGS（CITE-seq、BD Ab-seq）
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.7 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0416
- 公開日
- 2024-09-18
- 更新日
- 2024-09-18
- DDBJ Search
- DRA019274 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Abseq_ | Ab-seq抗体リスト | 9.7 KB |
解析手法
CITE-seq
- 材料と対象者
- 全身性強皮症（ICD10：M34）：21症例
内、1症例は3時点採取
健常者：6名（内、3症例はE-GEAD-635と重複） - 健康状態混在
- 対象者数27 (人数)
- 疾患
- 全身性強皮症
- 試料説明
- 末梢血よりPBMCを取得し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CITE-seq
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 91 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger Metrics
- 解析方法
- CellRanger（version 6.0.6）
CITE-seq (BD Ab-seq)
- 材料と対象者
- 腎クリーゼ発症全身性強皮症（ICD10：M34）：1症例
- 健康状態罹患
- 対象者数1 (人数)
- 疾患
- 腎クリーゼ発症全身性強皮症
- 試料説明
- 末梢血より取得した全白血球、腎生検検体より取得した全細胞から抽出したmRNA
- 組織腎臓、白血球、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- CITE-seq
- 測定対象
- Ab-seq抗体リスト
- 試薬キット
- BD Rhapsody WTA Reagent Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina HiSeq 2500
Illumina NovaSeq 6000 - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger Metrics
- 解析方法
- BD Rhapsody Sequence Analysis Pipeline（version 1.12）