データセット ID
DRA016520
- データの種類
- NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 46.1 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0356
- 公開日
- 2024-04-18
- 更新日
- 2024-04-19
- DDBJ Search
- DRA016520 (新しいタブで開きます)
解析手法
Visium 空間トランスクリプトーム + 病理画像
- 材料と対象者
- adenocarcinoma sequenceを背景とした大腸がん(ICD10: D01.0): 2症例(早期がん1例、進行がん1例)
腫瘍組織切片: 2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- adenocarcinoma sequenceを背景とした大腸がん (D010)
- 試料説明
- 切除した凍結腫瘍組織から切り出した厚さ10μmの切片より抽出したRNA
- 腫瘍 / 非腫瘍腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 測定対象
- N/A
- 試料の処理
- 組織染色: HE染色
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression
- 断片化
- 上記キットに準拠（酵素反応）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 118 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- 解析方法
- spaceranger-1.2.1