目的: 小細胞がんと大細胞型神経内分泌がん (large cell neuroendocrine carcinoma: LCNEC) は高悪性度神経内分泌がん (high-grade neuroendocrine carcinomas: HGNEC) に分類される。HGNECは予後不良で、治療に対して高確率で耐性化する。小細胞がんはASCL1、NEUROD1、POU2F3、YAP1の4つの転写因子の発現量によってサブタイプ分類ができ、それぞれの予後が異なる。LCNECでは、4つの因子が腫瘍内で不均一に分布する傾向がある。この不均一さが治療抵抗性に関与しているという仮説のもと、不均一性を検討するために、全ゲノム解析 (whole genome sequencing: WGS) 解析や空間トランスクリプトーム解析を実施する。腫瘍組織の形態把握を基盤にして、一細胞レベルでの各因子の発現相関、cell-cell間での各種遺伝子発現の相互関係、免疫応答因子等の微小環境について解析することでHGNECの新たな治療標的の同定や治療抵抗性の解明を目指す。

研究方法: 【WGS】Illumina、NanoporeによるWGS 【Xenium: High-performance in situ gene expression mapping】10xによる高性能 in situ 遺伝子発現マッピング 【Visium】空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータ (10X Genomics) 【snRNA-seq】核対象のシングルセルデータ (10XGenomics) 【STOMICS】空間トランスクリプトームデータ (BGI)

対象: 筑波大学および自治医科大学附属病院で手術を行われた肺神経内分泌がん10＋10＋13症例