hum0394-v2リリース情報

非小細胞肺癌における空間トランスクリプトーム解析に関する多施設共同研究

目的

非小細胞肺がん組織におけるがんおよび周囲の間質細胞の状態を詳細に明らかにすることで、複雑な腫瘍内不均一性およびがん微小環境を考慮した新規肺がん層別化手法の開発を目指す。肺がん手術検体より得られた凍結およびホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片を用いた空間トランスクリプトーム解析および関連するさまざまなオミクス解析により、がん細胞のオミクスステータスだけでなく、腫瘍浸潤リンパ球、がん関連線維芽細胞等の種類、空間分布などの特徴づけを行い、がん-微小環境の相互作用そのものを評価する新しい指標を提案するものである。

研究方法

【Visium：Spatial transcriptome sequencing】Illuminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータ
【Xenium：High-performance in situ gene expression mapping】10xによる高性能in situ遺伝子発現マッピングデータ
【Multiplex fluorescence immunostaining】 PhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色データ
【Whole Genome Sequencing】 illumina および Nanopore による全ゲノムシークエンスデータ
【Targeted Long-Read Methylation Sequencing】Nanopore によるターゲットロングリードメチル化シークエンスデータ

対象

【Visium：Spatial transcriptome sequencing】非小細胞肺がん症例の腫瘍組織 8症例（16検体）
【Xenium：High-performance in situ gene expression mapping】非小細胞肺がん症例の腫瘍組織 5症例（5検体）
【Multiplex fluorescence immunostaining】 非小細胞肺がん症例の腫瘍組織3症例（3検体）
【Whole Genome Sequencing】 非小細胞肺がん1＋1症例の腫瘍組織 1＋1検体、非腫瘍組織 1＋1検体
【Targeted Long-Read Methylation Sequencing】非小細胞肺がん1＋1症例のマイクロダイセクションした複数領域の腫瘍組織 1＋1検体

URL

N/A

研究代表者

鈴木 絢子

所属機関

東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 メディカルオミクス解析分野

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