目的: 自己免疫疾患を含む多因子疾患においてゲノムワイド関連解析 (Genome-wide association study: GWAS) が行われ、1000を超える疾患感受性遺伝子領域が同定されてきた。しかしGWASは、疾患に関連する遺伝子多型が連鎖不平衡ブロック内に存在することを示すにすぎず、病態の理解のためには、1. 原因遺伝子多型の同定、2. 原因遺伝子多型が周辺の遺伝子の機能に与える影響の解明、3. これらの遺伝子多型の積み重なりが病態に関わる細胞・組織の機能に与える影響の解明、が必要である。本研究では、既存の疾患GWASデータと、expression quantitative trait loci (eQTL) やsplicing QTL (sQTL) 解析などを統合したオミックス解析により、機能性遺伝子多型の網羅的解析を通じて様々な多因子疾患の病態解明を目指す。

研究方法: 【DRA016393/DRA016394/DRA016395/DRA018714】ヒトリンパ芽球様細胞株 (Lymphoblastoid Cell Line: LCL) の total RNA を使用した Iso-seq ならびに RNA-seq 【DRA016285】末梢血単核細胞 (PBMC) から29の免疫細胞サブセットを14-color cell sorter BD FACSAria Fusionを用いて分離し、total RNAを抽出した後、ポリA選択、SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kitと SQK-LSK109を用いたcDNAライブラリーの調製を行った。フローサイトメトリー染色パネルについては、Human Immunology Projectの定義に従った。好中球は、EasySep Direct Human Neutrophil Isolation KitsまたはMACSxpress Neutrophil Isolation Kits humanで回収した。生成されたcDNAはFlongle Flow Cell (ロングリード) により塩基配列を決定した。

対象: 【DRA016393/DRA016394/DRA016395/DRA018714】1000 Genomes Registryの日本人LCLにインターフェロン (IFNa2) 刺激有/無条件下で培養した細胞 【DRA016285】健常人末梢血から分離した29種類の免疫細胞種