研究 ID
hum0231-v2リリース情報
最新
研究題目
ヒト疾患特異的iPS細胞樹立に関する研究
研究概要
- 目的
- 何らかの疾患に罹患した患者や対照健常者由来試料と情報を協力機関である他医療機関から提供を受け、本学にてヒトiPS細胞を樹立し、その特性を評価した上で細胞バンクへの寄託を行うことで、iPS細胞の整備・拡充を図る。これにより、疾患特異的iPS細胞を用いた疾患原因研究・疾患治療研究疾患解析・治療法開発疾患病態解析、治療法開発を推進すると共に研究基盤を構築する。
- 研究方法
- WES
サンプルより抽出したDNAを超音波により断片化した後、SureSelect Human All Exon V6 にてライブラリを作製し、HiSeq 2500により100 bpのペアエンドリードのシーケンスを実施した。
RNA-seq
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いて逆転写を行い、Covers Focused-ultrasonicator M220でcDNAを断片化した後、SMARTer ThruPLEX DNA-seq Kitでライブラリを作製した。NextSeq 500により75 bpのシングルエンドリードのシーケンスを実施した。
ChIP-seq
1%ホルムアルデヒド溶液でクロスリンク処理を行い、ゲノムを断片化した。抗体2.5 μgを結合させたビーズと4 ℃で一晩インキュベートし、wash後65 ℃で逆クロスリンクした。SMARTer ThruPLEX DNA-seq Kitを用いてライブラリを調製し、NextSeq 500により75 bpのシングルエンドリードでシーケンスを実施した。 - 対象
- 健常人ドナー120名の末梢血単核球、健常人ドナー2名由来のiPS細胞（ゲノム編集株を含む）から分化させた単球およびマクロファージ
- URL
- N/A
データセット
| カート | データセット ID | データの種類 | プラットフォーム | アクセス制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|---|---|
| JGAD000393 | NGS（Exome） |
| 制限公開（Type I） | 2024-07-23 | |
| JGAD000989 | NGS （RNA-seq、ChIP-seq） |
| 制限公開（Type I） | 2026-11-06 |
提供者
- 研究代表者
- 齋藤 潤
- 所属機関
- 京都大学iPS細胞研究所
研究プロジェクト情報
研究プロジェクト情報はありません。
助成金情報
| 科研費・助成金名 | 研究課題名 | 研究課題番号 |
|---|---|---|
日本医療研究開発機構（AMED） 疾患特異的iPS細胞の利活用促進・難病研究加速プログラム | 疾患特異的iPS細胞樹立促進のための基盤形成 |
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日本医療研究開発機構（AMED） 疾患特異的iPS細胞の利活用促進・難病研究加速プログラム | 日本人健常人集団由来iPS細胞株の構築 |
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京都大学iPS細胞研究所 iPS細胞研究基金 | N/A | N/A |
公益財団法人 上原記念生命科学財団 | iPS細胞を用いたCOVID-19重症化リスクSNPの作用機序解明 | N/A |
公益財団法人 日立財団 倉田奨励金 | iPS細胞を用いたCOVID-19重症化リスクSNPの作用機序解明 | N/A |
iPSアカデミアジャパン研究助成 | iPS細胞を用いたCOVID-19重症化リスクSNPの作用機序解明 | N/A |
日本医療研究開発機構（AMED） 再生・細胞医療・遺伝子治療実現加速化プログラム、再生医療実現拠点ネットワークプログラム | 指定難病を中心とした希少疾患iPS細胞バンクの拡充に関する研究 |
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日本医療研究開発機構（AMED） 再生・細胞医療・遺伝子治療実現加速化プログラム | iPS細胞を用いた疾患研究推進のための共同研究支援事業 |
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日本医療研究開発機構（AMED） 再生・細胞医療・遺伝子治療実現加速化プログラム | 次世代医療を目指した再生・細胞医療・遺伝子治療研究開発拠点 |
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関連論文
| タイトル | DOI | データセット ID |
|---|---|---|
iPSC-based functional genomics reveals functionally opposing variants within a disease-associated haplotype |
制限公開データの利用者一覧
制限公開データの利用実績はありません。