NBDC Research ID: hum0542.v1
研究内容の概要
目的： これまで、サルを用いた研究により霊長類生殖細胞におけるDNAメチル化確立時期やそのメカニズムを明らかにしてきた。これらの成果を活用し、ヒトの精巣・卵巣の生殖細胞のDNAメチル化確立について理解することを目的とする。本研究により、ヒトの生殖細胞発生の理解が進み、配偶子DNAメチル化異常の予防や不妊治療法の開発に貢献する。
方法： single cell Whole Genome Bisulfite-sequence法
対象： 外科手術を受けた10歳未満の精巣腫瘍症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000887 | NGS（scWGBS） | 制限公開（Type I） | 2026/03/09 |
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分子データ
| 対象 |
精巣腫瘍（ICD10：C629）：3症例 非腫瘍組織（精巣腫瘍周辺の正常精巣）：3検体（1検体につき10-20細胞程度） |
| 規模 |
scWGBS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq X] |
| ライブラリソース | 正常精巣より分離した生殖細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Multiplex Oligos for Illumina, 96 Unique Dual Index kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100-500 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD001031 |
| 総データ量 | 338.9 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 渡部 聡朗
所 属 機 関： 国立成育医療研究センター 細胞医療研究部
プロジェクト/研究グループ名： 霊長類・ヒト生殖細胞プロジェクト/渡部グループ
URL: https://www.amed.go.jp/content/000153272.pdf
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 ソロタイプ（PRIME） | 霊長類生殖細胞形成におけるDNAメチル化の確立に関する研究 | JP22gm6310010 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Establishment of DNA methylation during primate germ cell development |
JGAD001031 JGAD001032 |
|
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
