NBDC Research ID: hum0524.v1
研究内容の概要
目的：NCCバイオバンク試料を用いてゲノム解析を行うことで、AYA世代がん及び希少がんの体細胞遺伝子異常プロファイルを明らかにし、治療標的分子の探索を行う。
方法： 全エクソームシーケンス解析、ターゲットシーケンス解析、RNAシーケンス解析
対象： 卵巣がん 51症例（AYA世代 6症例、非AYA世代 45症例）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000831 | 制限公開（Type I） | 2025/11/11 |
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分子データ
| 対象 |
卵巣がん（ICD10：C56）AYA世代 6症例 腫瘍組織：6検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000973 |
| 総データ量 | 702.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
卵巣がん（ICD10：C56）非AYA世代 45症例 腫瘍組織：45検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
NCC Oncopanel（114遺伝子） https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2019/0529/index.html |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NCC Oncopanel kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000973 |
| 総データ量 | 702.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
卵巣がん（ICD10：C56） AYA世代 6症例 腫瘍組織：6検体 非AYA世代 40症例 腫瘍組織：40検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000973 |
| 総データ量 | 702.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 河野 隆志
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野
プロジェクト/研究グループ名：若年婦人科腫瘍
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 国立がん研究センター研究開発費 | FIOCのコアファシリティ機能とバイオリソースの進化・結合によるTR・創薬研究推進 | 2020-J-2 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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