NBDC Research ID: hum0483.v1
研究内容の概要
目的： 慶應義塾大学医学部産婦人科バイオバンク（Keio Women’s Health Biobank）では、婦人科腫瘍のオルガノイドを、臨床情報やマルチオミックスデータ、薬剤感受性試験の情報など共に国内外の研究機関・製薬企業などに提供することで、医学研究に貢献する。
方法： 卵巣がん（明細胞がん、高異型度漿液性がん）から作製したオルガノイドを対象とするwhole exome sequencingおよびRNA sequencing
対象：
Exome：卵巣明細胞腺がん11症例 （腫瘍由来オルガノイド11検体、非腫瘍組織11検体）
RNA-seq：卵巣明細胞腺がん10症例 （腫瘍由来オルガノイド10検体）、高異型度漿液性がん7症例（腫瘍由来オルガノイド7検体）、AGR2をノックアウトした明細胞がんオルガノイド4検体、GFP過剰発現明細胞がんオルガノイド（コントロール）2検体
URL： http://www.obgy.med.keio.ac.jp/index.php
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000764 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/06/10 |
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分子データ
| 対象 |
卵巣明細胞腺がん（ICD10：C56）：11症例 腫瘍由来オルガノイド：11検体 非腫瘍組織（末梢血中単核球）：11検体 計22検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍由来オルガノイドおよび非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | xGen Exome Research Panel |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000905 |
| 総データ量 | 519.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
卵巣明細胞腺がん（ICD10：C56）：10症例 腫瘍由来オルガノイド：10検体 腫瘍由来オルガノイド（19-024）AGR2ノックアウト細胞：4検体 腫瘍由来オルガノイド（19-024）GFP過剰発現細胞（コントロール）：2検体 高異型度漿液性がん（ICD10：C56）：7症例 腫瘍由来オルガノイド：7検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [Hiseq X Ten、NovaSeq 6000] MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織由来オルガノイドから抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Exome Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000905 |
| 総データ量 | 519.5 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 千代田 達幸
所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部 産婦人科
プロジェクト/研究グループ名： 難治性卵巣癌の治療開発/婦人科腫瘍研究室 臨床腫瘍・臨床遺伝部門
URL：http://www.obgy.med.keio.ac.jp/index.php
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 卵巣癌の小分子RNA－mRNAネットワークに基づく核酸医薬の実現 | 19K18651 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 卵巣癌オルガノイドバンクの階層的オミクスによる難治性卵巣癌根治療法の実現 | 21H03079 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | PARP阻害剤の抵抗性獲得を防ぐーBRCA1/2変異オルガノイドの活用ー | 21K16822 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | High-throughput drug screening of clear cell ovarian cancer organoids reveal vulnerability to proteasome inhibitors and dinaciclib and identify AGR2 as a therapeutic target | doi: 10.1158/2767-9764.CRC-25-0024 | JGAD000905 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
