NBDC Research ID: hum0442.v1
研究内容の概要
目的： 抗PD-1/PD-L1抗体治療を行う進行・再発非小細胞肺がん患者における、血中アミノ酸プロファイルによる予後判別モデル（多変量判別式）の性能検証
方法： RNAシークエンス解析
対象： 抗PD-1/PD-L1抗体治療開始前の進行・再発非小細胞肺がん 20症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000675 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/12/06 |
| E-GEAD-883 | NGS（RNA-seq） | 非制限公開 | 2024/12/06 |
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分子データ
| 対象 |
進行・再発非小細胞肺がん（ICD10：C349）：20症例 腫瘍組織（FFPE検体）：20検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Smart Seq Stranded kit |
| 断片化の方法 | Nextera XT DNA Library Prep Kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp x 2 |
| マッピング方法 | The count data was mapped to the reference genome using STAR aligner for calculation. |
| リファレンス配列 |
read count calculated by HTSeq：hg19 TPM caluclated by salmon：GRCh38 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | HTSeq |
| フィルタリング（QC）方法 | Read count and TPM data calculated after adapter trimming of fastq files. |
| 遺伝子数 |
Count data：25559 TPM data：14222 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000805 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-883 |
| 総データ量 |
JGAD000805：116.8 GB（fastq） E-GEAD-883：4.5 MB（csv） |
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提供者情報
研究代表者：笹田 哲朗
所 属 機 関：神奈川県立がんセンター 臨床研究所 がんワクチン・免疫センター
プロジェクト/研究グループ名：アミノ酸プロファイルによるがん免疫微小環境の代謝リプログラミング評価とがん免疫治療患者層別化技術の開発
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業 | 患者層別化マーカー探索技術の開発/医療ニーズの高い特定疾患・薬剤に対する患者層別化基盤技術の開発 | JP19ae0101076 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Multi-omics analysis-based clinical and functional significance of a novel prognostic and immunotherapeutic gene signature derived from amino acid metabolism pathways in lung adenocarcinoma |
JGAD000805 E-GEAD-883 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
