NBDC Research ID: hum0437.v1
研究内容の概要
目的： 悪性脳腫瘍は治療抵抗性の予後不良な悪性疾患である。近年、分子遺伝学解析が急速に進んだことで、予後や治療反応性の予測因子となりうる遺伝子変異がいくつか発見されている。本研究では、悪性脳腫瘍における遺伝子変異を網羅的に探索し、それらを臨床病理学的情報と併せて検討することで、腫瘍の発生または悪性化に関与する遺伝子、もしくは、診断・再発の早期発見のためのバイオマーカーとして有用な遺伝子、さらには標的治療の対象となりうる遺伝子を特定し、それらを臨床試験の付随研究や割り付け因子に応用することを目的とする。
方法： RNA-seq解析
対象： グリオーマ124症例の新鮮凍結組織
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ncch/division/rcc/rcgrant/0015/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000671 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/03/05 |
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分子データ
| 対象 |
グリオーマ（ICD10：C71）：124症例 新鮮凍結組織中の腫瘍組織：124検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Twist Library Preparation EF Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000801 |
| 総データ量 | 428.1 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：高阪 真路
所 属 機 関：国立がん研究センター 細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名：-
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 国立がん研究センター希少がんグラント | AYA世代および壮年世代の悪性脳腫瘍における新規治療標的探索 | 1-7 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | The development of a custom RNA-sequencing panel for the identification of predictive and diagnostic biomarkers in glioma | doi: 10.1007/s11060-024-04563-z | JGAD000801 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
