NBDC Research ID: hum0383.v1
研究内容の概要
目的： 関節リウマチの治療においてT細胞の共刺激を阻害するCTLA4-Igであるアバタセプトの作用点及び予後予測因子の解明
方法： 関節リウマチ症例に対するアバタセプト治療前後の末梢血由来の免疫細胞18画分を分取し（CD16p_Mono, CL_Mono, DN_B, Fr_II_eTreg, mDC, Mem_CD4, Naive_B, Naive_CD4, Neu, NK, pDC, Plasmablast, SM_B, Tfh, Th1, Th17, Th2, USM_B）、各画分のRNA-seqを実施した。
対象： 関節リウマチ5症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000602 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/03/28 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
関節リウマチ（ICD10：M0690）：5症例 （アバタセプト投与前後） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血免疫細胞18画分（CD16p_Mono, CL_Mono, DN_B, Fr_II_eTreg, mDC, Mem_CD4, Naive_B, Naive_CD4, Neu, NK, pDC, Plasmablast, SM_B, Tfh, Th1, Th17, Th2, USM_B）より抽出したtotal RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit |
| 断片化の方法 | SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | STAR（hg38） |
| フィルタリング（QC）方法 | アダプター配列及び3’の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 106未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）を計算した。Diが平均-2標準偏差未満のサンプルは除去した。 |
| 遺伝子数 | 26353 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000731 |
| 総データ量 | 17.8 MB（各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 藤尾 圭志
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 アレルギー・リウマチ学
プロジェクト/研究グループ名：生物学的製剤投与前後のリンパ球の遺伝子発現修飾の解析
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| ブリストルマイヤーズスクイブ株式会社との共同研究費 | 生物学的製剤投与前後のリンパ球の遺伝子発現修飾の解析 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Immunomics analysis of rheumatoid arthritis identified precursor dendritic cells as a key cell subset of treatment resistance | doi: 10.1136/ard-2022-223645 |
JGAD000731 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 久保田 晋平 | 北海道大学 遺伝子病制御研究所 | 日本 | 関節リウマチおよび全身性エリテマトーデスにおける遺伝子発現および炎症増幅回路活性化因子の解析 | JGAD000731 | 2024/02/26-2025/03/31 |
| Pranidhi Sood | Wield Therapeutics, Inc | アメリカ合衆国・CA | Identifying Gene Expression Based Biomarkers in Patients with Autoimmune Diseases to Predict Response to New Therapies Developed by Wield Therapeutics | JGAD000731 | 2025/06/25-2027/04/23 |
