NBDC Research ID: hum0383.v1

研究内容の概要

目的： 関節リウマチの治療においてT細胞の共刺激を阻害するCTLA4-Igであるアバタセプトの作用点及び予後予測因子の解明

方法： 関節リウマチ症例に対するアバタセプト治療前後の末梢血由来の免疫細胞18画分を分取し（CD16p_Mono, CL_Mono, DN_B, Fr_II_eTreg, mDC, Mem_CD4, Naive_B, Naive_CD4, Neu, NK, pDC, Plasmablast, SM_B, Tfh, Th1, Th17, Th2, USM_B）、各画分のRNA-seqを実施した。

対象： 関節リウマチ5症例

URL： http://ryumachi.umin.jp/

データID	内容	制限	公開日
JGAS000602	NGS（RNA-seq）	制限公開（Type I）	2023/03/28

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分子データ

JGAS000602


対象	関節リウマチ（ICD10：M0690）：5症例（アバタセプト投与前後）
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース	末梢血免疫細胞18画分（CD16p_Mono, CL_Mono, DN_B, Fr_II_eTreg, mDC, Mem_CD4, Naive_B, Naive_CD4, Neu, NK, pDC, Plasmablast, SM_B, Tfh, Th1, Th17, Th2, USM_B）より抽出したtotal RNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
断片化の方法	SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	150 bp
マッピング方法	STAR（hg38）
フィルタリング（QC）方法	アダプター配列及び3’の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 10⁶未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）を計算した。Diが平均-2標準偏差未満のサンプルは除去した。
遺伝子数	26353
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000731
総データ量	17.8 MB（各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

提供者情報

研究代表者： 藤尾圭志

所属機関： 東京大学大学院医学系研究科アレルギー・リウマチ学

プロジェクト/研究グループ名：生物学的製剤投与前後のリンパ球の遺伝子発現修飾の解析

URL: http://ryumachi.umin.jp/

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
ブリストルマイヤーズスクイブ株式会社との共同研究費	生物学的製剤投与前後のリンパ球の遺伝子発現修飾の解析	-

	タイトル	DOI	データID
1	Immunomics analysis of rheumatoid arthritis identified precursor dendritic cells as a key cell subset of treatment resistance	doi: 10.1136/ard-2022-223645	JGAD000731 JGAD000727
2

制限公開データの利用者一覧

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間
久保田晋平	北海道大学遺伝子病制御研究所	日本	関節リウマチおよび全身性エリテマトーデスにおける遺伝子発現および炎症増幅回路活性化因子の解析	JGAD000731	2024/02/26-2025/03/31

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