NBDC Research ID: hum0379.v1
研究内容の概要
目的：自己免疫疾患における免疫担当細胞の解析
方法：single-cell RNA-seqおよびsingle-cell VDJ-seq
対象：重症筋無力症（myasthenia gravis：MG） 2症例、多発性硬化症（multiple sclerosis：MS）4症例、全身性エリテマトーデス（systemic lupus erythematosus：SLE）3症例、健常者3名
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000578 | NGS（scRNA-seq、scVDJ-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/11/20 |
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分子データ
| 対象 |
MG （ICD10：G70.0）：2症例（CD4+T細胞・B細胞の2検体ずつ） MS（ICD10：G35）：4症例（CD4+T細胞・B細胞の2検体ずつ3症例、CD4+T細胞とB細胞の混合1検体） SLE（ICD10：M32.9）：3症例（CD4+T細胞・B細胞の2検体ずつ2症例、CD4+T細胞1検体） 健常者：3名（CD4+T細胞・B細胞の2検体ずつ） |
| 規模 | scRNA-seqおよびscVDJ-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血のCD4+T細胞およびB細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
scRNA-seq：Chromium Next GEM Single Cell 5’ Kit v2 scVDJ-seq：Chromium Single Cell Human BCR Amplification Kit もしくは Chromium Single Cell Human TCR Amplification Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000704 |
| 総データ量 | 511 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 坂口 志文
所 属 機 関： 大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 実験免疫学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 特別推進研究 | 制御性T細胞による免疫応答制御の包括的研究 | 16H06295 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 インキュベートタイプ（LEAP） | 制御性T細胞を標的とした免疫応答制御技術に関する研究開発 | JP18gm0010005 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
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