NBDC Research ID: hum0360.v1
研究内容の概要
目的：日本国内でのCOVID-19罹患者から得られた検体を用いた研究により、その病態をシングルセルレベルで明らかにすること
方法：COVID-19罹患者の血液試料から分離されたPBMCを用いた、シングルセル解析
対象：COVID-19罹患者から採取した末梢血
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000546 | NGS（scRNA-seq、scVDJ-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/12/21 |
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分子データ
| 対象 |
COVID-19罹患者 （ICD10：U07.1）：6症例（8検体） 4症例：入院日あるいは翌日に採血 2症例：入院日あるいは翌日＋退院後に採血 |
| 規模 | scRNA-seqおよびscVDJ-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血単核球（PBMC）より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
scRNA-seq：91 bp scVDJ-seq：91 bp、90 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000665 |
| 総データ量 | 342.2 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 立川 愛
所 属 機 関： 国立感染症研究所 エイズ研究センター
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業 | 感染病原体の網羅的同定と感染宿主応答の関連解析 | JP22fk0108146 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業 | 病理学的アプローチによる先天性感染症・原因不明感染症診断法の開発 | JP19fk0108104 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Multimodal single-cell analyses of peripheral blood mononuclear cells of COVID-19 patients in Japan | doi: 10.1038/s41598-023-28696-9 | JGAD000665 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
