NBDC Research ID: hum0359.v1
研究内容の概要
目的： T/NK細胞リンパ腫の病態は不均一かつ複雑であり、比較的稀な疾患であることから、最適な治療が確立されていない。T/NK細胞リンパ腫に生じるゲノム異常、エピゲノム異常、遺伝子発現異常を包括的に解析することで、その病態を明らかにするだけでなく、特徴ある疾患単位、新たな分子標的、予後予測因子を同定できる可能性がある。本研究では、T/NK細胞リンパ腫のゲノム、エピゲノム、遺伝子発現を包括的に解析し、病理組織像、病型、予後などとの関連を検討することで、その分子病態を明らかにする。
方法： 腫瘍（リンパ腫）組織のTargeted DNA sequencing解析
対象： 節外性NK/T細胞リンパ腫（鼻型）症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000548 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2022/08/01 |
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分子データ
| 対象 | 節外性NK/T細胞リンパ腫・鼻型（ICD10：C86.0）：67症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | ARID1A、ASXL3、BCOR、CDKN2A、DDX3X、DNMT3A、ECSIT、EP300、FAT4、HDAC9、 IDH1、IDH2、 JAK1、JAK2、JAK3、KMT2C、KMT2D、MGA、MSN、NRAS、STAT1、 STAT3、STAT5A、STAT5B、 STAT6、TET1、TET2、TET3、TP53 |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | xGen Prism DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris M220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 142 bp |
| マッピング方法 | CLC Genomics Workbench version 21 |
| マッピングクオリティ | - |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg19 |
| 平均カバー率（Depth） | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000668 |
| 総データ量 | 10.6 GB （bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 大石 直輝
所 属 機 関： 山梨大学 大学院総合研究部医学域人体病理学講座
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 節外性NK/T細胞リンパ腫の分子サブタイプに対応する病理組織学的所見の解明 | 21K06883 |
| 黒住医学研究振興財団・研究助成金 | 節外性NK/T細胞リンパ腫の予後を効率よく層別化できる病理学的スキームの開発 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genetic and immunohistochemical profiling of NK/T-cell Lymphomas reveals prognostically relevant BCOR-MYC association | doi: 10.1182/bloodadvances.2022007541 | JGAD000668 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
