NBDC Research ID: hum0348.v1
研究内容の概要
目的： CD30陽性HTLV-1感染細胞の全ゲノムにわたる染色体構造とエキソーム領域の遺伝子配列を解析し、この細胞集団が高いゲノム不安定性を持つか、さらに、CD30リガンドを介したCD30刺激が染色体構造変異および遺伝子異常を促進するか評価することで、成人T細胞白血病（adult T-cell leukemia-lymphoma：ATL）の発症に関連するバイオマーカーの同定および病態進行のメカニズムの解明を目指す。
方法： FACS AriaIIIを用いてCD30発現ATL細胞、CD30非発現ATL細胞、HTLV-1非感染リンパ球を分画後、各分画からDNAを抽出し、whole exome sequencing解析を実施した。併せて、アレイCGH解析により網羅的なDNAコピー数の変化をプロファイリングした。
対象： 成人T細胞白血病（ATL）：8症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000537 | 制限公開（Type I） | 2023/05/15 |
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分子データ
| 対象 |
ATL（ICD10：C91.5）：8症例 CD30発現ATL細胞：8検体 CD30非発現ATL細胞：8検体 HTLV-1非感染リンパ球：8検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | PBMCの各分画から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | Trimmomatic（v.0.38）、DRAGEN Bio-IT Platform（v.3.7.5） |
| マッピングクオリティ | - |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg38 |
| 平均カバー率（Depth） | 83.6 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000656 |
| 総データ量 | 118.1 GB （bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | ATL（ICD10：C91.5）：8症例 |
| 規模 | アレイCGH |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Agilent Technologies [GenetiSure Cancer Research CGH+SNP Microarray 2 x 400K] |
| ソース | PBMCの各分画から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | SureTag Complete DNA Labeling Kit |
| コピー数変化領域決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Cytogenomics v5.0 |
| フィルタリング | ADM-2 algorithm、Threshokd value：5.5 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000656 |
| 総データ量 | 118.1 GB （txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中島 誠
所 属 機 関： 東京大学大学院新領域創成科学研究科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 | D30陽性HTLV-1感染細胞のゲノム異常によるATL発症バイオマーカーの同定 | 19K16580 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | CD30によるROS-DSBを介したゲノム不安定性とATL病態進展機構の解析 | 22K15420 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | The oncogenic driving force of CD30 signaling-induced chromosomal instability in adult T-cell leukemia/lymphoma | doi: 10.1111/cas.15706 | JGAD000656 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
