NBDC Research ID: hum0348.v1

 

研究内容の概要

目的： CD30陽性HTLV-1感染細胞の全ゲノムにわたる染色体構造とエキソーム領域の遺伝子配列を解析し、この細胞集団が高いゲノム不安定性を持つか、さらに、CD30リガンドを介したCD30刺激が染色体構造変異および遺伝子異常を促進するか評価することで、成人T細胞白血病（adult T-cell leukemia-lymphoma：ATL）の発症に関連するバイオマーカーの同定および病態進行のメカニズムの解明を目指す。

方法： FACS AriaIIIを用いてCD30発現ATL細胞、CD30非発現ATL細胞、HTLV-1非感染リンパ球を分画後、各分画からDNAを抽出し、whole exome sequencing解析を実施した。併せて、アレイCGH解析により網羅的なDNAコピー数の変化をプロファイリングした。

対象： 成人T細胞白血病（ATL）：8症例

 

データID内容制限公開日
JGAS000537

NGS（Exome）

アレイCGH

 制限公開（Type I） 2023/05/15

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分子データ

Exome
対象

ATL（ICD10：C91.5）：8症例

    CD30発現ATL細胞：8検体

    CD30非発現ATL細胞：8検体

    HTLV-1非感染リンパ球：8検体
規模 Exome
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース PBMCの各分画から抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） SureSelect Human All Exon V6 Kit
断片化の方法 超音波断片化 （Covaris）
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 150 bp
マッピング方法 Trimmomatic（v.0.38）、DRAGEN Bio-IT Platform（v.3.7.5）
マッピングクオリティ -
マッピングの際のリファレンス配列 hg38
平均カバー率（Depth） 83.6
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000656
総データ量 118.1 GB （bam）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

アレイCGH
対象 ATL（ICD10：C91.5）：8症例
規模 アレイCGH
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Agilent Technologies [GenetiSure Cancer Research CGH+SNP Microarray 2 x 400K]
ソース PBMCの各分画から抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
調整試薬（キット名、バージョン） SureTag Complete DNA Labeling Kit
コピー数変化領域決定アルゴリズム（ソフトウェア） Cytogenomics v5.0
フィルタリング ADM-2 algorithm、Threshokd value：5.5
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000656
総データ量 118.1 GB （txt）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 中島 誠

所 属 機 関： 東京大学大学院新領域創成科学研究科

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 若手研究 D30陽性HTLV-1感染細胞のゲノム異常によるATL発症バイオマーカーの同定 19K16580
科学研究費助成事業 若手研究 CD30によるROS-DSBを介したゲノム不安定性とATL病態進展機構の解析 22K15420

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 The oncogenic driving force of CD30 signaling-induced chromosomal instability in adult T-cell leukemia/lymphoma doi: 10.1111/cas.15706 JGAD000656
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間