NBDC Research ID: hum0332.v1
研究内容の概要
目的：尿路性器がんの治療効果予測バイオマーカーの探索
方法： Whole Exome Sequencing解析（WES）
対象： 去勢抵抗性前立腺がん（castration-resistant prostate cancer: CRPC）症例から採取した腫瘍組織ならびに末梢血白血球
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000510 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2022/05/30 |
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分子データ
| 対象 |
去勢抵抗性前立腺がん（ICD10：C61）：1症例 腫瘍組織 1検体、末梢血 1検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | CRPC1症例の腫瘍組織並びに末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelectXT Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000628 |
| 総データ量 | 13.4 GB （fastq、tab） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 赤松 秀輔
所 属 機 関： 京都大学大学院医学研究科 泌尿器科学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本学術振興会科学研究費補助金 | 血中遊離DNA解析を応用した前立腺癌のDNA修復遺伝子異常の生物学的特性の解明 | 20H03814 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | A case of microsatellite instability-high clinically advanced castration-resistant prostate cancer showing a remarkable response to pembrolizumab sustained over at least 18 months | doi: 10.1101/mcs.a006194 | JGAD000628 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
